Rối loạn tiêu hóa khiến trẻ hấp thu kém, suy dinh dưỡng và cơ thể sẽ hình thành cơ chế từ chối ăn để không phải nạp thêm thực phẩm. Rối loạn tiêu hóa gây thiếu chất (đạm, vitamin và khoáng chất cần thiết) sẽ càng gây biếng ăn ở trẻ, tạo thành vòng bệnh lý luẩn quẩn giữa rối loạn tiêu hóa – suy dinh dưỡng – biếng ăn – suy dinh dưỡng. Rối loạn tiêu hóa cũng làm giảm tỷ lệ lợi khuẩn trong ruột, giảm sức đề kháng, trẻ dễ mắc các bệnh nguy hiểm như tả, lỵ, viêm đại tràng mãn tính… Rối loạn tiêu hóa nặng (tiêu chảy kéo dài) sẽ dẫn tới suy nhược, suy thận, hôn mê, thậm chí tử vong nếu trẻ không được bù nước và chất điện giải kịp thời.